Em Gái Tôi Không Thể Dễ Thương Đến Vậy (Phần 2) tiếp tục câu chuyện về cuộc sống của hai nhân vật chính, Kirino và Kyousuke. Sau một thời gian ở nước ngoài, cụ thể là tại Mỹ, Kirino quyết định trở về nhà vì những lý do cá nhân cũng như sự thuyết phục của Kyousuke - anh trai của cô.
Khi trở về, Kirino nhanh chóng tái ngộ với niềm đam mê của mình đối với các bộ anime và manga mà trước đó cô đã dành rất nhiều thời gian để theo đuổi. Cô bắt đầu tham gia vào các hoạt động liên quan đến sở thích này, chẳng hạn như đi dự hội chợ anime hoặc mua sắm đồ lưu niệm.
Trong khi đó, Kyousuke vẫn đang cố gắng tìm kiếm con đường riêng cho bản thân, đặc biệt là trong lĩnh vực tình cảm và mối quan hệ anh chị em. Anh phải đối mặt với những khó khăn và thử thách khi cố gắng hiểu và hỗ trợ em gái mình, đồng thời duy trì mối quan hệ tốt đẹp với những người xung quanh.
Câu chuyện xoay quanh việc Kirino và Kyousuke vượt qua các khó khăn, khám phá bản thân và phát triển mối quan hệ giữa họ. Qua quá trình này, cả hai đều học được nhiều điều mới mẻ và ý nghĩa về gia đình, bạn bè và chính bản thân mình. Phần 2 của bộ phim mang đến một cái nhìn sâu sắc hơn về thế giới nội tâm của các nhân vật, đồng thời khám phá chủ đề về tình anh妹, tình bạn và sự trưởng thành.
