Kubo - chàng trai nhỏ tuổi với tài năng đặc biệt về nghệ thuật Origami (nghệ thuật gấp giấy) và chơi đàn shamisen (một loại đàn truyền thống Nhật Bản), đang sống cùng bà của mình ở một ngôi làng ven biển. Tuy nhiên, cuộc sống bình yên của Kubo bị phá vỡ khi mẹ ông qua đời, và ông phát hiện ra rằng mình có liên quan đến một thế giới siêu nhiên đầy bí ẩn.
Một ngày nọ, trong lúc tham gia lễ hội hàng năm để tôn vinh linh hồn tổ tiên, Kubo vô tình thức dậy những linh hồn ác độc từ quá khứ. Chúng chính là chị gái của mẹ Kubo, những người đã chết vì tìm kiếm sự trả thù đối với người chồng - cha của Kubo, một vị samurai huyền thoại.
Để bảo vệ bản thân và thực hiện lời hứa với mẹ trước khi bà qua đời, Kubo quyết tâm đi tìm kiếm ba món vũ khí cổ xưa của cha mình: Kiếm Mooncatcher, Khiên Tengu và Áo Choàng Hạt Gai. Những món đồ này sẽ giúp Kubo chống lại các linh hồn báo thù và hoàn thành sứ mệnh cứu lấy ngôi làng cũng như bản thân.
Trên hành trình của mình, Kubo gặp gỡ hai người bạn đồng hành: Monkey (con khỉ đột biết nói) và Beetle (con bọ cánh cứng biết bay). Cả nhóm bắt tay vào việc vượt qua nhiều thử thách nguy hiểm, chiến đấu chống lại quân đội quỷ và giải đáp bí mật về gia đình của Kubo.
Thông qua chuyến phiêu lưu đầy phấn khích này, Kubo không chỉ khám phá ra sức mạnh tiềm tàng bên trong mình mà còn hiểu rõ hơn về quá khứ của gia đình và ý nghĩa thật sự của lòng trung thành, sự hy sinh và tình yêu thương. Cuối cùng, anh phải đương đầu với kẻ thù lớn nhất - chị gái của mẹ mình - trong một trận chiến căng thẳng và cảm động để bảo vệ mọi thứ anh quý trọng.
