Takao Kasuga là học sinh lớp 11 trầm tính, suốt ngày ru rú trong thư viện, ám ảnh sâu sắc tập thơ Những Bông Hoa Ác của Charles Baudelaire – cuốn sách cậu luôn giấu kín trong ngăn bàn, dùng để lý giải thế giới xung quanh là đầy giả dối, tầm thường, chỉ có những khao khát phi chuẩn mực, vượt biên giới mới mang lại ý nghĩa nghệ thuật thực sự. Ở trường trung học vùng quê nơi cậu theo học, Nanako Saeki là hoa khôi được cả trường ngưỡng mộ: cô luôn tươi cười, chăm ngoan, đứng đầu lớp, hoạt động phong trào đầy đủ, là hình mẫu lý tưởng mà ai cũng muốn có được. Takao mang trong mình tình cảm cuồng nhiệt nhưng hoàn toàn bất lực trong việc diễn đạt bằng lời: cậu tự coi mình là kẻ thấp kém, không xứng với ánh sáng rực rỡ của Nanako, nên chỉ dám ngắm nhìn cô từ xa, ghi chép từng thói quen nhỏ của cô vào cuốn sổ bí mật, lén lấy những vật dụng cô vứt bỏ (cái khăn giấy đã dùng, chiếc bút bị rớt, dây buộc tóc cũ) để làm vật kỷ niệm.
Sự kìm nén bùng nổ vào một buổi chiều mưa: sau giờ thể dục, Takao lén lút lấy trộm bộ quần áo thể dục của Nanako vừa được giặt sạch, cất trong tủ đồ của cô. Cậu không có ý định làm hại, chỉ muốn chiếm hữu một mảnh nhỏ gắn liền với người mình yêu, để cảm thấy gần gũi với Nanako theo cách duy nhất cậu dám làm. Nhưng hành động này nhanh chóng bị phát hiện: bộ đồ được tìm thấy trong cặp sách của Takao, scandal nổ ra ngay lập tức. Nanako bị sốc, cả trường coi Takao là kẻ biến thái, cô lập cậu hoàn toàn. Thầy cô hội ý đình chỉ học tập của cậu, cha mẹ cậu cũng không hiểu nổi hành vi của con trai.
Duy nhất một người biết rõ bản chất thật của Takao không phải là kẻ biến thái tầm thường: đó là Sawa Nakamura, học sinh cùng lớp, một cô gái luôn mặc đồ đen, thích cô độc, chán ghét sự giả tạo của môi trường học đường. Sawa đã chứng kiến toàn bộ cảnh Takao lấy trộm đồ, thay vì tố cáo, cô lại tiếp cận cậu, nói rằng hành động của cậu không phải xấu xa, mà là biểu hiện chân thật nhất của khao khát, không bị bóp nghẹt bởi những quy tắc xã hội nhạt nhẽo. Cô gọi Takao là người tri âm theo phong cách Baudelaire, và bắt đầu nuôi dưỡng phần bản chất bị che giấu của cậu: khuyến khích cậu không che giấu cảm xúc, đẩy cậu tiến xa hơn vào những hành động xuyên biên giới – từ việc cùng Sawa lẻn vào nhà Nanako khi cô đi vắng, đến việc công khai thừa nhận sự ngưỡng mộ bệnh hoạn của mình trước cả trường.
Trong quá trình đó, Takao rơi vào vòng xoáy giữa ba thái cực: tình yêu thuần khiết nhưng bất lực với Nanako, sự thôi thúc tội lỗi từ hành vi của mình, và sự lôi kéo mê hoặc của Sawa – người biến sự xấu xa, cấm kỵ thành thứ ánh sáng duy nhất cậu có thể chạm tới. Những bông hoa ác nở rộ trong tâm hồn cậu, kết thúc bằng một scandal chấn động hơn nữa, thay đổi hoàn toàn cuộc đời ba nhân vật, phơi bày sự giả dối của cả một cộng đồng nhỏ bé nơi đây.
