Nội dung phim Pokémon Movie 1: Mewtwo Phục Thù xoay quanh câu chuyện về một nhóm nhà khoa học đã quyết định tạo ra một Pokémon mới thông qua phương pháp nhân bản di truyền. Họ chọn Mew, một Pokémon cực kỳ mạnh và hiếm, làm đối tượng nghiên cứu và nhân bản.
Sau một quá trình nghiên cứu và thử nghiệm dài, họ cuối cùng đã thành công trong việc tạo ra Mewtwo, một Pokémon mới có sức mạnh vượt trội so với bất kỳ Pokémon nào khác. Tuy nhiên, Mewtwo sớm phát hiện ra rằng nó không phải là một sinh vật tự nhiên, mà là một bản sao được tạo ra bởi con người.
Cảm giác bị bóc lột và không được đối xử công bằng, Mewtwo bắt đầu cảm thấy tức giận và muốn trả thù những người đã tạo ra nó. Nó quyết định sử dụng sức mạnh của mình để chống lại các nhà khoa học và thế giới Pokémon.
Ash Ketchum, một huấn luyện viên Pokémon trẻ tuổi, và các bạn bè của mình, bao gồm Misty và Brock, đã được mời tham gia một giải đấu Pokémon để đối đầu với Mewtwo. Tuy nhiên, khi họ đến địa điểm giải đấu, họ sớm phát hiện ra rằng Mewtwo đã có kế hoạch khác.
Mewtwo bắt đầu sử dụng sức mạnh của mình để đánh bại các Pokémon khác và chứng minh sự vượt trội của mình. Ash và các bạn bè của mình phải tìm cách ngăn chặn Mewtwo và dạy cho nó về giá trị của tình bạn và sự tôn trọng.
Phim kết thúc với một trận đấu quyết định giữa Ash và Mewtwo, trong đó Ash phải sử dụng tất cả kỹ năng và kinh nghiệm của mình để thuyết phục Mewtwo停止 kế hoạch trả thù và tìm kiếm một con đường mới để sống.
