Phim Tiến sĩ Đá (Phần 1) bắt đầu với một câu chuyện tình yêu đơn phương của cậu học sinh trung học Taiju Ooki dành cho Yuzuriha Ogawa. Sau 5 năm ấp ủ những cảm xúc không nói ra, Taiju cuối cùng cũng sẵn sàng để thổ lộ tình yêu của mình với Yuzuriha. Tuy nhiên, ngay khi cậu bắt đầu lời thú nhận, một sự kiện không thể tin được xảy ra. Một ánh sáng xanh chói mắt và mạnh mẽ tấn công Trái đất, khiến cho loài người trên khắp thế giới biến thành đá.
Tình huống này không chỉ khiến cho lời thú nhận của Taiju bị bỏ dở, mà còn đặt cả thế giới vào một tình trạng khẩn cấp và bí ẩn. Taiju và những người còn sống sót phải đối mặt với một thế giới bị đá hóa và tìm cách để hiểu được nguyên nhân cũng như cách để khôi phục lại tình trạng ban đầu.
Phim Tiến sĩ Đá (Phần 1) mở ra một câu chuyện phiêu lưu, bí ẩn và khoa học viễn tưởng, với những nhân vật phải đối mặt với một thế giới bị thay đổi hoàn toàn và tìm cách để sống sót và khôi phục lại thế giới của họ.
