Tóm tắt nội dung phim Ninja Ẩn Thân: Sau khi Chiến tranh Thái Bình Dương kết thúc, GHQ, đơn vị chiếm đóng Nhật Bản, đã đưa ra mệnh lệnh giải tán các tổ chức ninja. Điều này khiến nhiều người tin rằng các ninja đã biến mất, nhưng trên thực tế, họ vẫn tiếp tục hoạt động bí mật trong nhiều tổ chức khác nhau trên khắp thế giới. Kumogakure Kuro, một ninja cấp thấp thuộc tổ chức ninja NIN, cảm thấy buồn chán và bất ngờ được giao một nhiệm vụ quan trọng là điều tra các hoạt động của tổ chức bí ẩn Under Ninja. Cùng với đó, một nữ sinh trung học phổ thông tên Noguchi Ayaka cũng bị cuốn vào trận chiến ninja, mở ra một thế giới bí ẩn và đầy bất ngờ.
