Vào một ngày mới ở vùng Kanto, Satoshi được giáo sư Yukinari Ookido mời đến dự lễ khai trương phòng thí nghiệm của giáo sư Sakuragi tại thị trấn Vermillion. Trong bài phát biểu tại buổi lễ, Giáo sư Sakuragi thu được cảnh báo về một Pokémon hiếm có thể hình thành ở bến cảng của Vermillion City, khiến Satoshi và các huấn luyện viên khác chạy tới khu vực này với kỳ vọng tìm thấy Pokémon bí ẩn. Tại bến cảng, họ tìm thấy Lugia một con Pokemon huyền thoại nhập cuộc tranh đấu với các huấn luyện viên khác.Nhận thấy chiến thuật của các huấn luyện viên khác, Satoshi có đối tác của mình, Pikachu, tấn công Lugia bằng đòn tấn công Thunderbolt. chẳng hề bối rối, Lugia chạy trốn, nhưng chẳng hề trước khi Satoshi cương quyết nhảy lên lưng nó. Trước sự sửng sốt của Satoshi, anh gặp gỡ một cậu bé khác, Gou, người cũng nhảy lên lưng Lugia. Cả hai cưỡi trên lưng Lugia khi nó đưa họ đi theo một cuộc trôi dạt kỳ quái trên biển. Khi nó cho phép hai người quay về mặt đất, Satoshi và Gou chào giã từ Lugia và trở về Viện Sakuragi.Bị tuyệt hảo bởi những phát hiện của Gou và cái nhìn sâu sắc của Satoshi trong cuộc gặp gỡ gỡ của họ, Sakuragi bắt buộc bộ đôi này vươn lên là đối tác nghiên cứu mới của anh. Và thế là cuộc hành trình của bộ đôi bắt đầu, đi qua nhiều vùng để gặp gỡ nhiều Pokémon Pokemon mới, bao gồm cả những người có kỹ năng Gigantamax!
