Sau khi thành công trong việc chặn đứng âm mưu đầu tiên của Bowser nhằm ép cưới Công chúa Peach, Mario và Luigi lại lâm vào một cuộc chiến mới, rộng lớn và phức tạp hơn nhiều. Lần này, kẻ thù không phải là bản thân Vua Rùa, mà chính người con trai duy nhất và đầy bạo lực của hắn: Bowser Jr., kẻ cuồng nhiệt quyết tâm giải thoát cha mình khỏi sự giam cầm, đồng thời khôi phục lại di sản vĩ đại mà hắn cho là đang bị lãng quên.
Không dừng lại ở việc cướp phá một lâu đài hay một vương quốc, Bowser Jr. tiến hành một cuộc thập tự chinh xuyên thiên hà. Hắn tập hợp một đội quân lao động trung thành, trang bị công nghệ chiến tranh tối tân và điều khiển một hạm đội khổng lồ, thiết kế để chinh phục và long trảo lãnh thổ của các chủng tộc trên khắp các hành tinh. Mục tiêu tối thượng của hắn là biến cả Thiên Hà (Galaxy) thành một vùng đất của riêng gia tộc Bowser, với cha mình làm quân vương tuyệt đối.
Để đối mặt với mối đe dọa khủng khiếp này, hai anh em Mario và Luigi không thể một mình. Họ lại một lần nữa được quây quần bởi những người bạn cũ, quen thuộc: Yoshi cứng cỏi và thân thiện, Toad đầy nhiệt huyết, cùng các Toadette và Toadsworth nhiều kinh nghiệm. Quan trọng hơn, họ còn gặp gỡ và hợp tác với những đồng minh mới, những người bản địa của các hành tinh bị xâm lược - từ những vũ sĩ lịch lãm đến các nhà khoa học tài ba, mỗi người mang lại kỹ năng và hiểu biết độc nhất để vượt qua các thử thách.
Hành trình của họ trở thành một chuyến phiêu lưu xuyên không gian-quang, vượt qua những hành tinh đa sắc màu, kỳ dị và đầy nguy hiểm - từ sa mạc cháy rực dưới hai mặt trời đến đại dương lung linh dưới lòng đại dương băng giá, từ những thành phố máy móc tự động đến rừng rậm sinh vật nhện bí ẩn. Ở mỗi nơi, họ phải chiến đấu với các chỉ huy trung thành của Bowser Jr., giải cứu cư dân bị bắt làm tù binh, và tìm lấy các mảnh ngôi sao hay năng lượng đặc biệt để tiếp thêm sức mạnh cho hạm đội của mình.
Một điểm nganh câu chuyện là sự xuất hiện và động cơ phức tạp của Peach. Lần này, Công chúa không chỉ là vật thể cần bảo vệ. Trong một số hành trình, cô thậm chí phải đóng vai trò dẫn đầu hoặc điều phối khi Mario và Luigi bị phân tách, thể hiện sự kiên cường và trí tuệ vượt xa danh hiệu công chúa cần được cứu. Cuộc đối đầu cuối cùng không đơn thuần là bạo lực, mà còn là sự đối chót về tư tưởng và di sản: Bowser Jr. muốn một vũ trụ theo trật tự của gia tộc mình, trong khi Mario chiến đấu cho tự do và tình bạn xuyên hành tinh.
Tóm lại, Phim Super Mario Thiên Hà mở rộng vũ trụ Mario từ một vương quốc trên mặt đất sang một thiên hà rộng lớn, sống động và đầy mâu thuẫn. Nó kể về một cuộc chiến tranh thế hệ, về sự gánh nặng di sản, và về lòng dũng cảm không phân biệt chủng tộc hay hành tinh. Cuộc thập tự chinh của Bowser Jr. buộc Mario và những người bạn phải bước ra khỏi vùng an toàn quen thuộc, đồng thời chứng minh rằng sức mạnh thực sự nằm ở sự đoàn kết và lòng dũng cảm bảo vệ những điều tốt đẹp, bất kể chúng nhỏ bé đến đâu.
