Stargate SG-1 (Phần 3) đặt đơn vị của Đại tá O'Neill và các đồng minh vào một cuộc chiến vô cùng khắc nghiệt chống lại lũ Chúa tể Hệ thống Đế chế Goa'uld. Trong phần lớn đầu mùa, kẻ thù đáng gờm và nguy hiểm nhất xuất hiện chính là Sokar, tự xưng là Thần Tửu - một tên chúa tể tàn bạo và giận dữ, từng bị Apophis lật đổ trước đây. Sokar không chỉ giận dữ với Apophis mà còn căm thù cả SG-1 vì can thiệp vào âm mưu của hắn. Quân đội hùng mạnh và hành tinh dưới lòng đất chết chóc được sử dụng như nhà tù của hắn khiến SG-1 rơi vào tình thế cực kỳ khó khăn trong tập phim đặc biệt The Devil You Know. Trận chiến căng thẳng và máu lửa này đã đẩy các thành viên của đơn vị đến giới hạn sinh tử khi đối đầu trực diện với sức mạnh đáng gờm của Sokar.
Sự sụp đổ của Sokar tạo ra một khoảng trùng khủng trong quyền lực Đế chế Goa'uld, và một tên chúa tể khác nhanh chóng nhảy vào để lấp đầy chỗ trống: Apophis. Tập phim The Devil You Know đã chứng minh chính xác điều này, khi sau cái chết của Sokar, Apophis bất ngờ tái hiện với một hạm đội khổng lồ, chiếm đoạt ngọn lửa quyền lực từ cổ mộ của tên đối thủ cũ. Sự trở lại đầy bất ngờ và đầy quyền lực này khiến SG-1 phải đối mặt với mối đe dọa từng là thù số một của Trái Đất, giờ đây quay trở lại với một sức mạnh đáng sợ hơn bao giờ hết. Cuộc chiến chống lại các Chúa tể Hệ thống Đế chế Goa'uld ở Stargate SG-1 (Phần 3) giờ phải đối mặt với một Apophis vừa thua cuộc lại vừa phục hồi một cách ngoạn mục, khiến nhiệm vụ của đơn vị trở nên gian nan và đầy hiểm nguy hơn bao giờ hết.
